Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Zune ondersteunt minimaal 10 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Zune ondersteunt zijn .MP4. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Zune op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Zune.
Zune kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Zune en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Zune.