Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Freemake Video Converter ondersteunt minimaal 46 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Freemake Video Converter ondersteunt zijn .MKV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Freemake Video Converter op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Freemake Video Converter.
Freemake Video Converter kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Freemake Video Converter en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Freemake Video Converter.