Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Parallels Desktop ondersteunt minimaal 22 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Parallels Desktop ondersteunt zijn .LNK. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Parallels Desktop op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Parallels Desktop.
Parallels Desktop kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Parallels Desktop en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Parallels Desktop.