Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FileMaker Pro ondersteunt minimaal 31 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FileMaker Pro ondersteunt zijn .SQL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FileMaker Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FileMaker Pro.
FileMaker Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FileMaker Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FileMaker Pro.