Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. FFmpeg ondersteunt minimaal 14 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die FFmpeg ondersteunt zijn .MKV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in FFmpeg op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door FFmpeg.
FFmpeg kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via FFmpeg en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door FFmpeg.