Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Zune Video Converter ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Zune Video Converter ondersteunt zijn .MOV. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Zune Video Converter op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Zune Video Converter.
Zune Video Converter kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Zune Video Converter en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Zune Video Converter.