Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. UFO: Aftershock ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die UFO: Aftershock ondersteunt zijn .VFS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in UFO: Aftershock op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door UFO: Aftershock.
UFO: Aftershock kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via UFO: Aftershock en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door UFO: Aftershock.