Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. UFO: Aftermath ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die UFO: Aftermath ondersteunt zijn .VFS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in UFO: Aftermath op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door UFO: Aftermath.
UFO: Aftermath kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via UFO: Aftermath en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door UFO: Aftermath.