Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. RascalBoy Advance ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die RascalBoy Advance ondersteunt zijn .GBA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in RascalBoy Advance op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door RascalBoy Advance.
RascalBoy Advance kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via RascalBoy Advance en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door RascalBoy Advance.