Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Ponies NoteBook ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Ponies NoteBook ondersteunt zijn .OPML. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Ponies NoteBook op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Ponies NoteBook.
Ponies NoteBook kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Ponies NoteBook en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Ponies NoteBook.