Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Navicat for SQL Server ondersteunt minimaal 7 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Navicat for SQL Server ondersteunt zijn .SQL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Navicat for SQL Server op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Navicat for SQL Server.
Navicat for SQL Server kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Navicat for SQL Server en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Navicat for SQL Server.