Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Navicat for MySQL (Mac OS X) ondersteunt minimaal 15 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Navicat for MySQL (Mac OS X) ondersteunt zijn .SQL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Navicat for MySQL (Mac OS X) op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Navicat for MySQL (Mac OS X).
Navicat for MySQL (Mac OS X) kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Navicat for MySQL (Mac OS X) en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Navicat for MySQL (Mac OS X).