Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Microsoft Virtual Server ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Microsoft Virtual Server ondersteunt zijn .VHD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Microsoft Virtual Server op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Microsoft Virtual Server.
Microsoft Virtual Server kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Microsoft Virtual Server en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Microsoft Virtual Server.