Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Java ondersteunt minimaal 41 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Java ondersteunt zijn .CLASS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Java op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Java.
Java kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Java en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Java.