Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Guitar Pro ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Guitar Pro ondersteunt zijn .GP5. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Guitar Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Guitar Pro.
Guitar Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Guitar Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Guitar Pro.