Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Avid Pro Tools ondersteunt minimaal 16 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Avid Pro Tools ondersteunt zijn .MXF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Avid Pro Tools op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Avid Pro Tools.
Avid Pro Tools kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Avid Pro Tools en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Avid Pro Tools.