Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. AFFLIB ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die AFFLIB ondersteunt zijn .AFF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in AFFLIB op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door AFFLIB.
AFFLIB kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via AFFLIB en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door AFFLIB.