Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Zoo/PhytoImage ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Zoo/PhytoImage ondersteunt zijn .ZID. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Zoo/PhytoImage op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Zoo/PhytoImage.
Zoo/PhytoImage kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Zoo/PhytoImage en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Zoo/PhytoImage.