Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Zoo Tycoon 2 ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Zoo Tycoon 2 ondersteunt zijn .DL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Zoo Tycoon 2 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Zoo Tycoon 2.
Zoo Tycoon 2 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Zoo Tycoon 2 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Zoo Tycoon 2.