Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ZEQ2 Lite ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ZEQ2 Lite ondersteunt zijn .PSYS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ZEQ2 Lite op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ZEQ2 Lite.
ZEQ2 Lite kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ZEQ2 Lite en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ZEQ2 Lite.