Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. ZEMAX ondersteunt minimaal 17 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die ZEMAX ondersteunt zijn .DAT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in ZEMAX op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door ZEMAX.
ZEMAX kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via ZEMAX en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door ZEMAX.