Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. z-Tree ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die z-Tree ondersteunt zijn .ZTT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in z-Tree op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door z-Tree.
z-Tree kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via z-Tree en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door z-Tree.