Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Yugioh Card Maker ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Yugioh Card Maker ondersteunt zijn .YCM. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Yugioh Card Maker op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Yugioh Card Maker.
Yugioh Card Maker kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Yugioh Card Maker en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Yugioh Card Maker.