Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator ondersteunt zijn .Y3A. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.
Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Yu-Gi-Oh! Online Duel Accelerator.