Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Yet Another Compressor ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Yet Another Compressor ondersteunt zijn .YZ. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Yet Another Compressor op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Yet Another Compressor.
Yet Another Compressor kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Yet Another Compressor en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Yet Another Compressor.