Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. yDecode ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die yDecode ondersteunt zijn .SPLT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in yDecode op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door yDecode.
yDecode kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via yDecode en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door yDecode.