Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Yayoi Accounting ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Yayoi Accounting ondersteunt zijn .KD3. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Yayoi Accounting op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Yayoi Accounting.
Yayoi Accounting kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Yayoi Accounting en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Yayoi Accounting.