Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. X3D ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die X3D ondersteunt zijn .UVR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in X3D op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door X3D.
X3D kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via X3D en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door X3D.