Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Workshare Compare ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Workshare Compare ondersteunt zijn .WDF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Workshare Compare op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Workshare Compare.
Workshare Compare kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Workshare Compare en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Workshare Compare.