Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Wolfenstein 3D: Spear of Destiny ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Wolfenstein 3D: Spear of Destiny ondersteunt zijn .SOD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Wolfenstein 3D: Spear of Destiny op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Wolfenstein 3D: Spear of Destiny.
Wolfenstein 3D: Spear of Destiny kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Wolfenstein 3D: Spear of Destiny en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Wolfenstein 3D: Spear of Destiny.