Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Wise Package Studio ondersteunt minimaal 6 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Wise Package Studio ondersteunt zijn .LOG. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Wise Package Studio op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Wise Package Studio.
Wise Package Studio kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Wise Package Studio en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Wise Package Studio.