Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. WinUHA ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die WinUHA ondersteunt zijn .WUL. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in WinUHA op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door WinUHA.
WinUHA kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via WinUHA en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door WinUHA.