Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Wing Commander III ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Wing Commander III ondersteunt zijn .TRE. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Wing Commander III op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Wing Commander III.
Wing Commander III kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Wing Commander III en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Wing Commander III.