Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Windows Media Encoder ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Windows Media Encoder ondersteunt zijn .WME. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Windows Media Encoder op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Windows Media Encoder.
Windows Media Encoder kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Windows Media Encoder en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Windows Media Encoder.