Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Windows Journal ondersteunt minimaal 2 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Windows Journal ondersteunt zijn .JTP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Windows Journal op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Windows Journal.
Windows Journal kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Windows Journal en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Windows Journal.