Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. WinCDG Pro ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die WinCDG Pro ondersteunt zijn .MP3G. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in WinCDG Pro op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door WinCDG Pro.
WinCDG Pro kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via WinCDG Pro en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door WinCDG Pro.