Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. WinCAPS ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die WinCAPS ondersteunt zijn .W32. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in WinCAPS op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door WinCAPS.
WinCAPS kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via WinCAPS en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door WinCAPS.