Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Win64 ondersteunt minimaal 4 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Win64 ondersteunt zijn .D64. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Win64 op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Win64.
Win64 kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Win64 en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Win64.