Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. WebSite-Watcher ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die WebSite-Watcher ondersteunt zijn .WWA. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in WebSite-Watcher op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door WebSite-Watcher.
WebSite-Watcher kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via WebSite-Watcher en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door WebSite-Watcher.