Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Virtual CD ondersteunt minimaal 14 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Virtual CD ondersteunt zijn .MDF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Virtual CD op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Virtual CD.
Virtual CD kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Virtual CD en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Virtual CD.