Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. VAG CAN PROFESSIONAL ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die VAG CAN PROFESSIONAL ondersteunt zijn .SGO. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in VAG CAN PROFESSIONAL op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door VAG CAN PROFESSIONAL.
VAG CAN PROFESSIONAL kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via VAG CAN PROFESSIONAL en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door VAG CAN PROFESSIONAL.