Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Ulysses ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Ulysses ondersteunt zijn .ULYS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Ulysses op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Ulysses.
Ulysses kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Ulysses en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Ulysses.