Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. UFO: Alien Invasion ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die UFO: Alien Invasion ondersteunt zijn .DLLS. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in UFO: Alien Invasion op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door UFO: Alien Invasion.
UFO: Alien Invasion kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via UFO: Alien Invasion en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door UFO: Alien Invasion.