Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Tweaking Toolbox XP ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Tweaking Toolbox XP ondersteunt zijn .TXP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Tweaking Toolbox XP op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Tweaking Toolbox XP.
Tweaking Toolbox XP kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Tweaking Toolbox XP en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Tweaking Toolbox XP.