Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Tracker II ondersteunt minimaal 5 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Tracker II ondersteunt zijn .A2M. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Tracker II op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Tracker II.
Tracker II kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Tracker II en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Tracker II.