Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Total Annihilation ondersteunt minimaal 7 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Total Annihilation ondersteunt zijn .TDF. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Total Annihilation op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Total Annihilation.
Total Annihilation kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Total Annihilation en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Total Annihilation.