Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. TopiaryExplorer ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die TopiaryExplorer ondersteunt zijn .TEP. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in TopiaryExplorer op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door TopiaryExplorer.
TopiaryExplorer kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via TopiaryExplorer en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door TopiaryExplorer.