Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Tools E-Prime ondersteunt minimaal 7 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Tools E-Prime ondersteunt zijn .EDAT. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Tools E-Prime op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Tools E-Prime.
Tools E-Prime kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Tools E-Prime en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Tools E-Prime.