Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. Todo Backup ondersteunt minimaal 1 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die Todo Backup ondersteunt zijn .PBD. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in Todo Backup op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door Todo Backup.
Todo Backup kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via Todo Backup en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door Todo Backup.