Standaard ondersteunt alle software meerdere bestandsextensies. TMPGEnc ondersteunt minimaal 3 verschillende bestandsextensies. De basisbestanden die TMPGEnc ondersteunt zijn .TPR. Niet alle extensies in de lijst worden echter altijd gebruikt om de effecten van werk in TMPGEnc op te slaan. Heel vaak worden bestanden met dergelijke extensies gebruikt als brongegevensbestanden die worden gebruikt door TMPGEnc.
TMPGEnc kan worden gebruikt om bestandsformaten te converteren tussen de hieronder vermelde bestandsextensies. U kunt een bestand met een van de onderstaande bestandsextensies openen via TMPGEnc en proberen het op te slaan in een ander bestandsformaat, ook ondersteund door TMPGEnc.